• عدم وجود اعتراف رسمي بالدين الإسلامي.
• التشتت والتفرق من أبرز إشكالات الجاليات المسلمة في إيطاليا، فمنظماتهم ومراكزهم في معظمها تابعة للدول التي جاؤوا منها، وهذا ينعكس على العمل الإسلامي وتجانسه والتعاون بين جهاته، ويدفع ثمن ذلك المسلمون أولا، ثم المجتمع الإيطالي الذي لا تصله رسالة الإسلام الصحيح.
• ضعف العلم الشرعي لدى مسلمي إيطاليا، والغياب الكبير لدور المؤسسات العلمية الإسلامية لمعالجة هذا الضعف.
• ضعف المحتوى الدعوي باللغة الإيطالية وعدم كفايته .
• الصورة النمطية السلبية والمشوهة عن الإنسان المسلم في أذهان الإيطاليين، ويضعف كثيرًا أو ينعدم الدور الإسلامي لتحسين هذه الصورة في وسائل الإعلام الإيطالية.
• انتشار البيوت المختلطة التي يكون فيها الأب مسلما والأم إيطالية مسيحية، وهذا يؤثر بشكل كبير على مستقبل الأبناء ودينهم وتربيتهم، حيث يضعف الاهتمام بما سيكون عليه حال الأبناء دينيا في المستقبل.
• بعد الجالية المسلمة في إيطاليا في مجملها - وخاصة الجيل الثاني والثالث عن الإسلام، والانغماس في نمط الحياة الغربي بشكل كبير.
